脳卒中センターはSCU（ストローク・ケアー・ユニット）9床とC-3（クローバー3階）病棟の27床で、2007年4月16日からスタートしました。脳出血・脳梗塞・クモ膜下出血などの脳卒中の患者さんを、時間のロス無く受け入れる態勢を目指しています。救急隊や近隣の医師からの電話を直接SCU担当医師が24時間体制で受け、その場で受け入れを判断します（SCUホットライン）。また「救急搬送の依頼を断らないこと」をモットーに、SCUやC-3病棟に毎日空床を作る努力をしています。このため、毎朝スタッフが集まって短時間のミーティングをし、新患の紹介からその後の治療の状況が検討され、近隣の回復期リハビリテーション病床との連携を行っています。

SCUホットラインの対象となる最も多い疾患は脳梗塞です。脳梗塞の患者さんを時間のロス無く受け入れ、発症から３時間以内であれば使用可能なt-PAによる治療を目指しています。次に多い疾患は、脳出血やクモ膜下出血で、やはり発症から出来るだけ早期に受け入れることが必要です。突然の手足の麻痺、言語障害などの症状、あるいは突然の頭痛と嘔吐などの症状が見られたら、SCUホットライン。

C-3病棟には超急性期からのリハビリテーションが可能なように、広いリハビリテーションスペースを設け、病床専従のPTやOTのスタッフが患者さんの自立を促しています。